Бюджет фонда утвержден по доходам в размере 139 млрд. 643 млн. руб., по расходам -139 млрд. 573 млн. руб., профицит составляет - 70 млн. руб. Из федерального бюджета фонду передаются 73,3 млрд. руб., из которых 34,9 млрд. руб. должны быть направлены на обеспечение льготников лекарствами (в 2006 году на эти цели было выделено 34 млрд. руб.).

На финансирование мероприятий в рамках национального проекта "Здоровье" планируется израсходовать 24,8 млрд. руб.