1 июня 2006 года Зинченко был задержан в своем рабочем кабинете после получения взятки в размере $1 тыс. за выдачу санитарно-эпидемиологического заключения на земельный участок под строительство кафе.

В ходе следствия ему было предъявлено обвинение еще по двум аналогичным преступлениям и по факту злоупотребления им должностными полномочиями (часть 1 статьи 285 Уголовного кодекса РФ). Два эпизода получения взятки квалифицированы следствием как совершенные в составе организованной группы (пункт "а" части 4 статьи 290 УК РФ).

В отношении Николая Зинченко суд избрал меру пресечения в виде заключения под стражу. Кроме этого, 31 июля 2006 года постановлением Советского районного суда города Томска он временно отстранен от занимаемой должности.